Υπό ορισμένες συνθήκες, το μέλι μπορεί να διατηρήσει τις θεραπευτικές του ιδιότητες για δεκαετίες.

Είναι υγροσκοπικό και γι’ αυτό δεν πρέπει να φυλάσσεται σε υγρό χώρο, καθώς απορροφά την υγρασία και ξινίζει.

Τα δοχεία με μέλι πρέπει να είναι καλά κλειστά, ώστε να αποφεύγεται η εισχώρηση υγρασίας και η ζύμωση.

Η βέλτιστη θερμοκρασία αποθήκευσης είναι 5-10 °C.

Ο μέλι είναι καλύτερο να φυλάσσεται σε σκοτεινό μέρος ή σε σκούρα σκεύη, καθώς το φως επιδεινώνει τις ιδιότητές του (καταστροφή ενζύμων, βιταμινών).

Δεν πρέπει να αποθηκεύεται σε σκεύη από ψευδάργυρο, χαλκό και κράματα τους, καθώς έτσι σχηματίζονται ενώσεις που μπορούν να βλάψουν την υγεία και ακόμη και να προκαλέσουν δηλητηρίαση. Δεν είναι επιθυμητή η αποθήκευση σε σιδερένια δοχεία, καθώς λόγω της διάβρωσης του μετάλλου από τα οξέα του μελιού αποκτά δυσάρεστη οσμή και γεύση.